1. Совершенствование организации деятельности Управления.
2. Совершенствование санитарно-противоэпидемических и профилактических мероприятий в целях обеспечения стабильной эпидемиологической ситуации и предупреждения распространения инфекционных болезней.
3. Развитие федерального санитарно-эпидемиологического надзора.
4. Совершенствование практики организации и осуществления федерального государственного надзора в области защиты прав потребителей в целях содействия повышению гарантированного уровня защиты прав потребителей.
5. Правовое обеспечение деятельности Управления.
6. Реализация мероприятий по научному обеспечению деятельности Управления в области обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия.
7. Участие в международном сотрудничестве по вопросам санитарно-эпидемиологического благополучия населения и защиты прав потребителей.
8. Реализация Договора о Евразийском экономическом союзе и основных направлений развития механизма «единого окна» в системе регулирования внешнеэкономической деятельности.
9. Развитие деятельности по предоставлению государственных услуг и осуществлению государственных функций при внедрении информационно- коммуникационных технологий.
10. Развитие кадрового потенциала и реализация комплекса мер по профилактике коррупционных и иных правонарушений.
11. Развитие деятельности по информатизации и обеспечению безопасности информации, не содержащей сведения, составляющие государственную тайну, в Управлении.
12. Развитие деятельности Управления по вопросам работы с обращениями граждан.
13. Финансово-экономическое обеспечение деятельности, модернизация бюджетного процесса в условиях внедрения программно-целевых методов управления.